清代,泾州继元代后再次成为直隶州。魏海峰制图
雍正三年（公元1725年），川陕总督岳钟琪召甘肃56州县民去敦煌屯田，以州县名为坊名。泾州移民称西北隅泾州坊。
同治元年（公元1862年），西北回民起义，陕西巡抚派佐领（清代官名）双英统领旗兵300名驻泾州，知州俞进麟办团练，协助城防。七月，林发源任知州，与都司范铭筑东西关二城，又于嵩山小塬上横筑一城，建炮台二座，加强城防。嵩山塬筑城局部今存。
同治二年（公元1863年）正月，回民军占领今宁夏固原，700余难民逃至泾州。知州林发源安排他们充防勇、筑城墙。三月，回民军进占嵩山（今县城高峰寺山），烧毁北魏高峰寺。范铭带兵与之战斗，回民军退走。四月，回民军围平凉，泾州派兵增援，清军大败，范铭及庆阳知府何瑛、游击（清代官名）任国治均战死。八月十二日，回民军攻占平凉后，进至泾州阳保川（今汭丰），副将衾万明、军功王生吉先后由庆阳率兵接战，回民军退走崇信。十一月三日，回民军进占回中山，烧毁王母宫正殿及香亭。十六日，固原提督雷正绾率部15营进驻泾州。因军需储备短缺，清兵横行街里，米、面、柴、煤搜刮一空，房舍、树木毁伐殆尽。因范铭功重，泾川官民曾在回山下建范公祠。
同治三年（公元1864年）三月，清军进击张家川回民军，泾州人民担负后方运输，苦不堪言。十月，代理陕西巡抚按察使张集馨过泾州，滞留15日，在其日记中哀叹：“景况凄凉，民不聊生”。十二月，固原回民军3000余人，进驻今泾川党原等地。
同治四年（公元1865年）九月，雷正绾部统带马队胡大贵、步队李高启、统领雷恒举兵反清与回民军会合，围泾州，被营务处周显承击败，东走陕西。
同治五年（公元1866年）四月，陕甘总督杨岳斌、山西巡抚赵长龄来泾州，查办雷正绾部在金积堡（今宁夏吴忠）溃败一事，杀雷恒、李高启。
同治六年（公元1867年）二月，雷军分驻泾州营务处，周显承率部剿董志塬西进的回民军。三月，道员（官名，即道台）黄鼎与回民军战于瓦云驿（今飞云），县丞杨作舟战死。
同治七年（公元1868年）四月，回民军围泾州，黄鼎自长武来援，解围。五月，黄鼎与回民军战于黑河川，回民军败走。十月，回民军攻泾州、灵台，被清军击退。
同治八年（公元1869年）正月，雷正绾攻占泾州董家堡。三月二十日，钦差大臣、督办陕甘军务的左宗棠，由陕西进驻瓦云驿，立大营于毛家坳。五月，左宗棠在泾州受总督印。九月，左宗棠派观察李耀南、提督周兰亭驻泾州。十一月，左宗棠由泾州进驻平凉。同月，金积堡回民军首领出降，部分陕籍回民分散安置，来泾州落户者89户、402人。
同治十三年（公元1874年），狼祸特别突出，甚至白天在城内街道伤人，知州彭光藻悬赏捕捉。
周代至清代，泾州战争3000年。因战争需要，先后有15位帝王即周文王、秦始皇、曹操、十六国（两晋至南北朝之间，北方各族政权纷纷立国称帝，史称十六国，即前凉、后凉、南凉、西凉、北凉、前赵、后赵、前秦、后秦、西秦、前燕、后燕、南燕、北燕、夏、成汉）后赵、前秦、后秦、夏的帝王石勒、苻健、苻坚、苻登、姚苌、姚泓、赫连勃勃、赫连昌、赫连定、北魏拓跋焘、唐李世民、李亨等曾取道泾州或在此长驻、留守、激战。
——选自《丝绸之路上的世界遗产·泾川文化遗产录》张怀群 赵晓春 魏海峰 著
